Понял проблему, по крайней мере с голым телом.
Я тестировал беременность на Серане. При этом у меня стоит Seranaholic, который имеет отдельный меш для её тела. Заменил его на новый и беременность появилась
Merta Black Rose всё ещё не работает, хотя ползунок беременности там есть.
Edit. Моды брони на SSE и более новые моды беременности вроде Fertility Mod и Being Female используют Cbbe Morhp ползунок для беременности. Ползунок размера живота от Racemenu на них не действует совсем. Merta Black Rose в сборке работает наоборот. Предположу, что броня без адаптаций для SE перенесена из LE и от того не работает как остальные. Придётся заменять.